要是孕妇和公司在商量解除劳动合同时，发现存在着违法违规的情况，那就完全可以申请仲裁。比如说，商量解除合同这事不是孕妇真心想做的，又或者公司用了欺骗、威胁之类的手段逼孕妇同意。但是，如果商量解除合同这件事是孕妇和公司都真心实意、自愿地去做的，而且孕妇也得到了应有的赔偿，那么仲裁可能就不太会支持孕妇的诉求。
要是孕妇跟老板商量好了要解除劳动合同，但是在这个过程中发现有违法现象发生的话，那就可以去申请仲裁。比如说，老板是不是逼你或者用其他手段让你同意解除合同？又或者说，你们商量好的结果并不是你真心愿意的，那这种情况下也是可以申请仲裁的。不过，如果你们商量好解除合同这件事是真的，而且是你自己也愿意的，同时公司也给了你足够的赔偿金，那么仲裁可能就不太会支持你的请求。
解析：
在孕妇与雇主协商解除劳动合同时，倘若解除进程中出现了任何违反相关法律法规的行为，孕妇仍具有发起仲裁的权益。例如，在协商的过程中并没有充分尊重孕妇的真实意愿，或者雇主采取了诸如欺诈或胁迫等不道德的手段来强迫孕妇接受。然而，倘若该协商解除为双方真实、自愿且符合法律规定的行为，并且孕妇已经得到了相应程度上的合理补偿，那么仲裁机构很可能会驳回孕妇有关赔偿的主张。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条
劳动者有下列情形之一的，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同：
（一）从事接触职业病危害作业的劳动者未进行离岗前职业健康检查，或者疑似职业病病人在诊断或者医学观察期间的；
（二）在本单位患职业病或者因工负伤并被确认丧失或者部分丧失劳动能力的；
（三）患病或者非因工负伤，在规定的医疗期内的；
（四）女职工在孕期、产期、哺乳期的；
（五）在本单位连续工作满十五年，且距法定退休年龄不足五年的；
（六）法律、行政法规规定的其他情形。
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用人单位与劳动者解除劳动关系，劳动者不存在《劳动合同法》第三十九条规定的情形，可以认定该用人单位行为属于《劳动合同法》第八十七条规定的违法解除的情形，应该支付赔偿金。标准为每工作一年支付2个月的本人工资，俗称2N。
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孕妇在协商解除劳动合同后是否可以申请仲裁，涉及到多个法律层面的考量。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者与用人单位可以协商一致解除劳动合同。这意味着，如果孕妇与用人单位达成了共识，并且双方都同意解除合同，那么这种情况是合法的。 然而，在实际操作中，孕妇在怀孕期间享有特别的法律保护。根据《女职工劳动保护特别规定》，女职工在怀孕、分娩和哺乳期间，用人单位不得随意解雇。因此，即使是双方协商解除，也需要确保没有侵犯到这些法定权益。如果孕妇是在受到压力或不当影响下签署了解除协议，这可能会导致协议的有效性受到质疑。 如果在协商过程中存在争议，例如用人单位未按照约定支付相应的经济补偿，或者存在其他违法行为，那么孕妇完全可以通过仲裁途径维护自己的合法权益。在中国，仲裁是一种解决争议的重要方式，可以为当事人提供一个相对快速和高效的解决方案。 申请仲裁时，需要准备相关证据材料，包括但不限于：解除协议文本、工资支付记录、医疗证明等。这些材料将帮助仲裁机构判断案件事实，并作出公正合理的决定。同时，要注意申请仲裁通常有时间限制，一般是在争议发生之日起一年内提出，因此及时行动非常重要。 总之，虽然孕妇可以通过协商方式解除劳动合同，但需确保该过程符合法律规定，并且自身权益未受到侵害。如果出现问题，通过仲裁途径寻求救济是可行且必要的选择。在这一过程中，不妨咨询专业律师，以便更好地理解自己的权利并制定合适的维权策略。